Lazy loaded imageR版本升级与包迁移实用指南

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记录 R 在 Windows/macOS/Linux 各平台的版本升级方法、升级后如何迁移原有包库，以及包路径和镜像的科学配置建议。适合开发者/生信分析师长期复用查阅。

🧭 检查当前R版本

🖥️ Windows 系统升级R

方法一：installr 包一键升级（推荐）

  • 自动检测/下载安装新版R
  • 可选保留旧版本，自动迁移CRAN包（仅限CRAN）

方法二：手动下载安装

  1. 访问 CRAN 官网
  1. 选择 Download R for Windows → 下载 base 版本
  1. 安装时建议自定义路径（如 D:/R/R-4.5.0-win/R-4.5.0）

🍎 macOS 系统升级R

方法一：官网下载.pkg

  1. 访问 CRAN 官网
  1. Download R for macOS → 下载最新版 .pkg 安装包

方法二：Homebrew自动升级

🐧 Linux (Ubuntu) 升级R

以 Ubuntu Jammy 为例：

📦 R包迁移与自动安装

升级R后，强烈建议手动+分类型迁移包，不建议盲目全量自动还原。

🚫 传统方法（仅适用CRAN包）

⚠️ 无法还原 GitHub/Bioconductor/本地包。

✅ 推荐方法：pak 包自动识别来源

  • 自动识别包来源（CRAN/Bioc/GitHub），优先选最快/最兼容源，安装体验好
  • 适合新版R首次迁移大量包

⚠️ 国内用户注意

  • pak 及其依赖（如 curl、jsonlite）编译和下载常遇网络问题
  • 需用代理或先手动镜像安装依赖，建议在代理环境或服务器下执行

📁 R包库路径管理与推荐设置

  • 不推荐把自装包全部放在R_HOME/library目录下，建议按版本独立目录管理。
  • 推荐用 .libPaths("D:/R/library/4.5") 按R主版本独立管理包路径。
在Rprofile.site全局配置示例：

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