📈CMplot 绘制曼哈顿图

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简介
CMplot 是一款专为基因组关联研究（GWAS）设计的可视化工具包，支持圆形（circular）和矩形（Manhattan）两种风格的高效绘图，且参数灵活、易于定制。本篇将从示例数据出发，逐项讲解关键参数，帮你快速上手。

1. 准备数据

2. 圆形曼哈顿图（Circular Manhattan）

提示：
  • r 与 cir.band 控制不同圈层半径和宽度；
  • amplify=TRUE 会放大最显著那一层的点。

3. 矩形曼哈顿图（Classic Manhattan）

说明：
  • plot.type="m" 生成经典 Manhattan；
  • highlight、highlight.text 系列用于标记并注释感兴趣 SNP；
  • LOG10=TRUE 自动对 p 值取 -log10。

4. 常见参数速查

参数
作用
type
点/线/柱（"p"/"l"/"h"）
plot.type
圆形(c)/矩形(m)/密度(d)/四象限(q)
threshold
阈值线位置，接受向量或列表
amplify
放大显著点
highlight
高亮 SNP 列表
cir.axis
是否绘制圆环坐标轴（仅圆形）
chr.den.col
染色体上 SNP 密度配色
file.output
是否将图写入文件

5. 学习资源

Learning Resources
  1. CMplot 官方文档：https://github.com/YinLiLin/CMplot
 
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