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R基因ID转换与批量注释
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生信分析几乎每天都要用到“基因ID批量转换/注释”——比如 symbol/Ensembl/Entrez ID 互转、获取基因坐标、标准化注释等。这里记录主流R包的基础做法，以及我的evanverse包中更灵活的函数封装。
1. 常用R包/方法简明汇总
- biomaRt：适合Ensembl系列ID和位置等批量注释
- org.Hs.eg.db/org.Mm.eg.db：基于AnnotationDbi，本地数据库批量查ID/注释/别名
- clusterProfiler::bitr()：广泛用在富集分析/注释互转
- AnnotationHub：整合多平台资源（大体量需求）
2. biomaRt示例：symbol转坐标
3. org.*.eg.db用法举例
4. clusterProfiler::bitr快速转换
5. 【推荐】evanverse::convert_gene_id()批量ID转换
实际项目里社区工具各有局限，所以我写了一个通用函数
convert_gene_id()，可快速在symbol/ensembl/entrez多种ID间互转，支持 character 向量或 data.frame 批量处理，自动加载本地或在线参考表，适配人/鼠常见需求。核心优点：
- 支持向量和数据框，参数灵活
- 自动标准化 symbol（如人类大写，鼠类小写）
- 支持多目标类型、查找速率提示
- 支持保留/过滤未注释项
- 本地优先、在线兜底，安全可控
主要参数说明
query: 需转换的向量或数据框
from: 源ID类型，支持"symbol", "ensembl_id", "entrez_id"
to: 目标ID类型，可多个
species: 物种，可选"human"或"mouse"
query_col: 若输入为数据框，指定需转换的列名
- 其它：参考/本地表、是否保留NA、是否预览输出等
代码示例
输出会预览匹配数和速率，未匹配可选是否保留或过滤。
6. 实际项目建议
- 社区函数（biomaRt/bitr/select）优先，特殊需求优先用自己写的convert_gene_id()，尤其适合高频/批量/需灵活定制的场景。
- 尽量使用标准/唯一ID做主键（Ensembl或Entrez），后续分析与可视化更稳健。
- 注释转换后最好二次去重、检查丢失项。
本页持续沉淀和补充所有常见的基因ID/注释互转技巧与踩坑经验。
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